Аул Сенты (нынешняя Нижняя Теберда) был основан в 1870 году, после реализации в конце 1860-х годов в Карачае реформы по освобождении крепостных. В 1868 году карачаевцам было предоставлено 14 тысяч десятин на реке Теберда, и по ходатайству Н. Г. Петрусевича, начальника Эльбрусского (Карачаевского) военно-народного округа, затем Баталпашинского уезда Кубанской области, в этих местах были образованы новые аулы для малоземельных и безземельных крестьян, освобождённых от крепостной зависимости, но не получивших земли. Кроме аула Сенты, в тот же период на реке Теберда возник ещё только один населённый пункт — аул Теберда (нынешняя Верхняя Теберда, 1868 год).
В связи, однако, с тем, что и в новых селениях значительная часть земли оказалась в руках богатой верхушки карачаевских общин, в 1884—1887 годах значительная часть населения тебердинских аулов переселилась в Османскую империю. Новая волна переселенцев последовала в 1905—1906 годах, при этом ещё в 1902 году в селениях Сентинском и Тебердинском отмечалась активность агитаторов за переселение в Турцию, причём предполагалось подать ходатайство о переселении 355 семейств. Из долины Теберды агитация затем распространилась на многие другие селения Карачая и соседней Балкарии.
В 1890-х годах у подножия горы, на вершине которой расположен древний Сентинский храм, на левом берегу реки напротив аула был основан женский Спасо-Преображенский монастырь. 22 октября 1896 года состоялось освящение Сентинского храма в честь Преображения Господня. В храме был установлен иконостас, появилась церковная утварь, на вершину горы к древней церкви была проложена дорога. В самом монастыре у горы имелись молитвенный дом и храм, оба — в честь мученика Агафодора, церковно-приходская школа, открытая в 1899 году по предложению епископа Ставропольского и Екатеринодарского Агафодора для обучения детей местных карачаевцев (возможно, посвящение молитвенного дома и монастырской церкви мученику Агафодору связано с тем покровительством, которое монастырю оказывал епископ). В монастыре в начале XX века было 23 мантийных монахини, 66 рясофорных монахинь, 106 послушниц, 38 послушниц на испытании.
Согласно переписи 1926 года, аул уже носил название Нижняя Теберда и был центром сельсовета Хумаринского района Карачаевской автономной области Северо-Кавказского края. В ауле в 339 хозяйствах проживало 1920 человек (935 мужчин и 985 женщин), из них 1569 человек — карачаевцы (81,7 %), 57 жителей аула причислили себя к казакам (3 %). К сельсовету относилась также и трудовая детская колония, организованная в бывшем монастыре, в ней на момент переписи было зарегистрировано 226 человек.
В советский период в ауле базировались сначала совхоз «Карачаевский», затем совхоз «Тебердинский», рядом с населённым пунктом существовала шахта «Амгата». В те годы, когда аул, после депортации карачаевцев, входил в состав Грузинской ССР, он носил название Мзисса. В эпоху СССР в Нижней Теберде был создан народный театр «Тюбешиу», существовавший и во время депортации в Киргизской ССР. В постсоветский период возрождается Спасо-Преображенский Сентинский женский монастырь.